Facebook Twitter

CROPSR, un nou instrument care facilitează utilizarea CRISPR

Genomul culturilor se adaptează de-a lungul generațiilor de reproducere pentru a optimiza trăsăturile specifice. Până de curând, crescătorii au fost limitati la selecția din diversitatea naturală. Tehnologiile CRISPR pot schimba acest lucru, dar instrumentele software necesare pentru proiectarea și evaluarea experimentelor CRISPR s-au bazat până acum pe nevoile de editare în genomul mamiferelor, care nu împărtășesc aceleași caracteristici ca și genomurile culturilor complexe.

Oamenii de știință de la Centrul pentru Bioenergie Avansată și Inovare a Bioproduselor (CABBI) din Statele Unite au creat CROPSR, primul instrument software open source pentru proiectarea și evaluarea secvențelor de ARN ghid (gRNA) pentru investigațiile CRISPR la nivelul genomului. „CROPSR oferă comunității științifice noi metode și un nou flux de lucru pentru efectuarea experimentelor cu CRISPR-Cas9”, a spus dezvoltatorul Hans Müller Paul, biolog molecular la Universitatea din Illinois Urbana-Champaign.

Pentru a satisface mai bine nevoile geneticienilor agricoli, echipa a creat un software care elimină restricțiile impuse de alte pachete privind proiectarea și evaluarea secvențelor de ARNg, ghidurile folosite pentru a localiza materialul genetic țintă. Membrii echipei au dezvoltat, de asemenea, un nou model de învățare automată care nu ar evita ghidurile pentru regiunile genomice repetitive găsite adesea în plante, o problemă cu instrumentele existente.

Multe culturi, în special materii prime bioenergetice, au genomi poliploizi extrem de complecși, cu seturi multiple de cromozomi. Și unele instrumente software de editare a genelor bazate pe genomuri diploide (cum ar fi cele ale oamenilor) au probleme cu particularitățile genomului culturilor. Modelul CROPSR oferă predicții mult mai precise, chiar și în genomi non-culturi.

Această abordare reduce semnificativ timpul necesar pentru proiectarea unei investigații CRISPR, reducând provocarea de a lucra cu culturi și accelerând proiectarea, evaluarea și validarea secvențelor gARN. CROPSR poate genera cu ușurință o bază de date cu ARNg CRISPR utilizabile pentru un întreg genom de cultură, un proces care este intensiv din punct de vedere al calculului și consuma mult timp. Cercetătorii ar putea acum să caute gena în propria lor bază de date și să vadă toate ghidurile disponibile, în loc să caute o genă țintă printr-o bază de date online și apoi să utilizeze instrumente actuale pentru a proiecta ghiduri separate pentru cinci locații diferite și să efectueze mai multe runde de experimente.

Articolul original este disponibil pe https://cabbi.bio/cropsr-a-new-tool-to-accelerate-genetic-discoveries/



 
 
 
 
 
 

Abonează-te la Newsletter

Pentru a fi la curent cu ultimele știri și oferte, abonează-te la newsletter. Nu trimitem spam.